Orang Karo di Kota Kisaran diperkirakan sudah ada sejak tahun 1949. Kemungkinan didasari peristiwa pembumi hangusan Tanah Karo tahun 1948-1949 yang membuat mata pencarian orang karo sebagai petani mengalami kerusakan akibat pembakaran itu. Sehingga beberapa orang karo melakukan urbanisasi untuk mencari lapangan kerja dan mengadu nasib ditempat yang baru.
Menurut Lemes Sinulingga, Kaki Bangun adalah salah satu orang Karo pertama yang merantau ke Kota Kisaran, beliau adalah seorang wirausahawan yang beragama Kristen. Namun ia bukan aktif sebagai seorang jemaat di GBKP Runggun/ Majelis Kisaran, melainkan sebagai anggota aktif di Gereja Pentakosta di Indonesia. Namun akhirnya beliau adalah seorang jemaat Gereja Batak Karo Protestan Runggun/Majelis Kisaran. Gelombang kedatangan orang Karo berikutnya di Kota Kisaran adalah orang Karo yang berprofesi sebagai anggota Militer dan Keluarga yang bertugas di Kota Kisaran yang menjadi perintis pembagunan Gereja Batak Karo Protestan (GBKP) Runggun/Majelis Kisaran.
Awal berdirinya GBKP Runggun/Majelis Kisaran diinisiasi oleh kurang lebih 25 keluarga orang Karo Kristen yang tinggal dan menetap di Kota Kisaran. Salah satu yang menjadi tempat untuk beribadah pertama-tama adalah Gereja Methodist Indonesia Jemaat Muria, pada tahun 1961. Walaupun ada juga informasi yang mengatakan, bahwa Gereja Huria Kristen Indonesia lah pertama kali digunakan sebagai tempat beribadah sebagaimana dituturkan oleh salah satu jemaat yang mengaku dirinya dibaptis pada tanggal 12 Juli 1956 oleh Pdt. M. Milala di Gereja tersebut.
Pada tahun 1962, seluruh jemaat bersepakat untuk mencari dan membeli lahan sebagai tempat peribadatan secara permanen. Dan hasilnya disetujui di lokasi tempat dimana sekarang berdiri Gereja GBKP Runggun Kisaran Jl. H. Misbah-Kisaran.
Adapun Panitia Pembangunan yang ditunjuk saat itu, adalah sebagai berikut:
1. Kapt. Mambar Sinuhaji – (Bp. Ropin)
2. T. Karo-Karo
3. Genap Perangin-nangin (Bp. Zainal)
4. Rejeki Bangun (Bp. Pulung)
5. Leket Purba (Bp. Pasti Purba)
6. Kutana Sembiring (Bp. Johanis Sembiring)
7. Benua Sebayang (Bp. Budi)
8. Bp. Mutiara Sembiring
9. Kumen Sembiring (Bp. Ratna)
10. Meteh Tarigan (Bp. Asal)
11. Amat Tarigan (Bp Tamanya)
12. Nggit Sinuraya (Bp. Nur)
13. Djenda Malem Purba (Bp. Riswan)
14. Surung Malem Tarigan (Bp. Mariana)
15. Bp. Kontau Barus
16. B. Bangun (Bp. Jusup)
Ketua Panitia Pembangunan saat itu adalah Kapten Mambar Sinuhaji (Bp. Ropin) seorang militer yang berpengaruh menduduki jabatan Wakil Komandan Batalyon 124 di Kisaran, dan bendaharanya kala itu adalah T. Karo-Karo. Selain ke-16 panitia tersebut, juga didukung penuh oleh Kaki Bangun (Bp. Bantangena), Bp. Sabar Barus, Bp. Budi Ginting dan Loren Ginting (Bp. Lajor), Bp Naya Sinuraya, Bp Frida Pinem. Dan ada juga bantuan dari beberapa orang karo muslim seperti Sanggup Tarigan (Bp. Darma) dan Kerin Sebayang (Bp. Awal Jasa).
Jemaat mula-mula di GBKP Runggun Kisaran sudah memiliki beberapa Pertua Oikumene di Batalion TNI yaitu Bp. Budi Sebayang dan Bp. Zainal Perangin-nangin. Kemudian setelah Gereja ini berdiri, maka diangkatlah beberapa pertua yaitu Pt. I. Barus, Pt. R. Tarigan dan Pt. Ng. Barus. Sehingga bisa dipastikan bahwa kelima nama ini menjadi serayan pertama yang memberikan dirinya untuk melayani di GBKP Runggun Kisaran.
Adapun pendeta GBKP atau disebut sebagai Pelayanan Khusus Penuh Waktu (PKPW) yang melayani di GBKP Runggun Kisaran sesuai urutannya sampai dengan sekarang, adalah :
- Guru Agama Martinus Bangun (1963-1970)
- Guru Agama Musa Tarigan (1970-1974)
- Pdt. R. D. Beruat S. Th. (1974-1980)
- Pdt. Bebas Ginting (1980-1987)
- Pdt. Dharma Sembiring (1987-1990)
- Pdt. Punca Tarigan (1990-1997)
- Pdt. Rusplin Perangin-Angin (1997-2001)
- Pdt. Arapen Perangin-Angin (2001-2007)
- Pdt. Maslon Ginting (2007-2011)
- Pdt. Ibrahim Barus (2011-2016)
- Pdt. Freddy Ginting Munthe (2016-2021)
- Pdt. Firman Barus ( 2021-2025)
- Pdt. Merdiansa Putra Ginting, S.Th., M.M. (2025-Sekarang)
Sektor dan Perpulungen (Bakal Jemaat)
Saat ini jemaat GBKP Runggun Kisaran +/- 250 Kepala Keluarga (KK), terdiri dari 7 Sektor/Perpulungen Jabu-Jabu (PJJ), dan 4 Bakal Jemaat (Bajem)/Perpulungen.
7 (tujuh) Sektor/PJJ di GBKP Runggun Kisaran, yaitu:
- Sektor Imanuel
- Sektor Bunga Ncole
- Sektor Kisaran Kota
- Sektor Kuta Kana
- Sektor Mutiara
- Sektor Sion
- Sektor Rudang Mayang
4 (Empat) Perpulungen, yaitu:
- Perpulungen Small Holder
- Perpulungen Rawang
- Perpulungen Aek Sopang
- Perpulungen BP. Mandoge.